La cérémonie pour Benjamin Moloise intervient dans un contexte de nouvel examen des atrocités à mobile politique commises durant le régime de minorité blanche, qui a pris fin en 1994, le président Cyril Ramaphosa ayant annoncé la semaine dernière une enquête sur les retards dans les poursuites judiciaires.
Les autorités de l'apartheid ont pendu en 1985 Moloise, qui avait alors 30 ans, pour le meurtre d'un policier, qu'il a nié. Son exécution a déclenché des émeutes en Afrique du Sud et des protestations dans plusieurs capitales dans le monde.
Les Nations Unies avaient adopté une résolution appelant à la grâce concernant la peine de mort et le pape Jean-Paul II avait condamné un exécution ajoutant "de l'angoisse à une situation persistante d'injustice objective".
Les restes d'un autre militant de l'ANC exécuté par le gouvernement d'apartheid, Abraham Mngomezulu, ont été remis à sa famille lors de la même cérémonie à Soweto.
Abraham Mngomezulu avait été pendu en 1989 à l'âge de 23 ans après avoir participé à des manifestations contre des expulsions durant desquelles une personne avait été tuée, selon le gouvernement.
Sanctions de Trump: l'Afrique du sud dénonce "désinformation" et "propagande"
"Héros de notre peuple"
Les deux hommes avaient été enterrés dans des tombes anonymes sans la présence de leurs familles.
Cette inhumation "marque une étape importante dans le parcours continu de l'Afrique du Sud vers la guérison, la justice et la réconciliation", a déclaré le ministère de la Justice dans un communiqué.
Les restes de 74 autres personnes exécutées par le régime d'apartheid avaient déjà été remis à leurs proches pour être réinhumés, a indiqué la ministre de la Justice Mmamoloko Kubayi lors de la cérémonie.
Le gouvernement est "déterminé à faire en sorte que les héros de notre peuple reçoivent la reconnaissance qui convient à leur contribution à la libération des noirs", a-t-elle déclaré.
La Commission Vérité et Réconciliation (CVR) créée en 1996 pour exposer les crimes tels que les meurtres et la torture pendant l'apartheid, et qui offre la possibilité d'amnistie, a tenu 2.500 audiences sur deux ans.
Elle n'a donné lieu qu'à peu de procès et Cyril Ramaphosa a annoncé mercredi une enquête judiciaire sur les allégations de retards délibérés dans les poursuites.
Des enquêtes sur le décès de certains militants politiques ont entre-temps été rouvertes cette année, notamment celle du dirigeant de l'ANC et prix Nobel de la paix Albert Luthuli, décédé en 1967.
Une enquête réalisée la même année avait conclu qu'il était décédé après avoir été percuté par un train.