La secousse, survenue à 16H27 (07H27 GMT) sur l'île de Kyushu, a également atteint le niveau maximum (7) sur une échelle distincte qui mesure la force avec laquelle les séismes sont ressentis à un endroit donné, appelée "shindo" au Japon, a précisé la JMA.
Le tsunami pourrait atteindre jusqu'à un mètre de hauteur et arriver vers 17H00 (08H00 GMT), a ajouté la JMA.
La chaîne de télévision publique NHK a indiqué que des vagues pouvant atteindre ce niveau pourraient déjà avoir été enregistrées. Aucune anomalie immédiate n'a été constatée dans les centrales nucléaires de la région, selon l'Autorité japonaise de régulation nucléaire.
45 000 foyers privés d'électricité
Quelque 45 060 foyers et installations sont privés d'électricité dans le département de Kumamoto, selon l'opérateur Kyushu Electric Power, qui a précisé que trois réacteurs nucléaires de la région continuaient de fonctionner normalement.
"Lorsque le séisme s'est produit, les secousses étaient si fortes que je ne pouvais pas rester debout", a déclaré à la télévision une demi-heure après le tremblement de terre un employé de la NHK dans le département de Kumamoto, où s'est produite la secousse.
Des séismes dévastateurs ont déjà frappé le pays
Kumamoto avait été frappé en 2016 par deux séismes dévastateurs - l'un de magnitude 6,5, suivi deux jours plus tard par un autre de magnitude 7,3. Ils ont fait 273 morts et plus de 2.800 blessés.
Un séisme de magnitude 7,2 avait par ailleurs frappé le nord du Japon le 25 juin dernier, sans faire de morts ni causer de dégâts importants.
Le Japon est l'un des pays les plus exposés aux séismes au monde, situé à la jonction de quatre grandes plaques tectoniques le long de la bordure occidentale de la "ceinture de feu" du Pacifique.
L'archipel, qui compte environ 125 millions d'habitants, enregistre généralement plusieurs centaines de secousses chaque année et représente environ 18% des séismes recensés dans le monde.
Le pays reste marqué par le gigantesque séisme sous-marin de magnitude 9,0 survenu en 2011, qui avait déclenché un tsunami faisant quelque 18.500 morts ou disparus et provoqué la catastrophe de la centrale nucléaire de Fukushima.
