D'après un communiqué de l'aéroport, 17 vols au départ de Munich ont ainsi été annulés dans la soirée, affectant près de 3 000 passagers. L'heure de reprise du trafic n'a pas encore été annoncée.
15 vols censés arriver à Munich ont aussi été détournés vers Stuttgart, Nuremberg, Vienne et Francfort.
Les passagers bloqués à Munich ont été pris en charge avec des lits de camps, des couvertures, des boissons ainsi que des collations, ajoute le communiqué.
Jeudi, vers 21h30, plusieurs personnes ont aperçus des drones aux alentours de l'aéroport, a confirmé le porte-parole de la police.
Les autorités bavaroises ont lancé des recherches pour identifier les engins et leurs propriétaires, sans succès.
"Aucune information disponible sur le type et le nombre de drones"
Des drones ont ensuite de nouveau été repérés, cette fois au dessus du site de l'aéroport, entrainant vers 22h30 la fermeture des deux pistes de décollage et d'atterrissage.
Malgré l'intervention des hélicoptères de la police, "aucune information n'est disponible sur le type et le nombre de drones" ni leur origine, précise le porte-parole.
Cet incident survient avant le dernier week-end de l'Oktoberfest, qui accueille des centaines de milliers de personnes chaque jour à Munich.
La fête de la bière dans la ville bavaroise avait été fermée une demi-journée mercredi après une alerte à la bombe et un drame familial.
L'Allemagne est sur le qui-vive face à la menace des drones, alors que plusieurs pays européens dont la Pologne et le Danemark inputent à la Russie des incursions récentes dans leur espace aérien.
Jeudi, les 27 se sont réunis à Copenhague pour discuter de ces attaques croissantes et ont discuté de la mise en place d'un "mur" antidrone.
Vendredi dernier, en Allemagne, un "essaim" de drones a été repéré vendredi au-dessus de l'État de Schleswig-Holstein.
Le gouvernement allemand a assuré vouloir donner l'autorisation aux forces armées d'"abattre" ces engins.