Les conducteurs des deux véhicules sont dans un état critique, a aussi indiqué la police lors d'une conférence de presse.
Vendredi la police avait annoncé un mort et plusieurs blessés sans préciser le nombre ni le degré de gravité.
106 personnes ont été impliquées dans cette collision entre un train rapide et un véhicule agricole qui transportait du lisier, a ajouté la police samedi.
Un automobiliste mort en juillet
L'accident a eu lieu à un passage à niveau qui n'était pas marqué par une barrière.
L'enquête doit déterminer si les signaux sonores et lumineux ont fonctionné au moment de l'accident, ont précisé les autorités.
Selon la police, le train, qui reliait Copenhague à Sønderborg (ouest), roulait à "une vitesse relativement élevée" lorsqu'il a percuté le camion.
D'après la télévision TV2, il ne s'agit pas du premier accident sur ce tronçon. En juillet, un automobiliste de 24 ans est mort trois kilomètres plus loin après avoir heurté un train à un passage à niveau.